O SEST/SENAT tem uma estrutura organizacional que agiliza as tomadas de decisão e o desenvolvimento dos serviços prestados. O Conselho Nacional, presidido por Clésio Andrade, fixa diretrizes e prioridades, analisa e aprova projetos, planeja, normatiza e fiscaliza a administração das entidades. Os Conselhos Regionais localizados em 14 cidades, cobrindo todo o território nacional, elegem as prioridades regionais observando as diretrizes dos Conselhos Nacionais. Em São Paulo a administração é feita pela Federação das Empresas de Transporte de Cargas do Estado de São Paulo (FETCESP) tendo como presidente, Flávio Benatti.

O Departamento executivo, com sede em Brasília, é responsável pela administração e execução dos objetivos do SEST/SENAT. Os serviços do SEST/SENAT são oferecidos através de dois tipos de estabelecimentos operacionais: Posto de Atendimento ao Trabalhador em Transporte na Estrada (PATE), localizado ao longo das principais rodovias do país; e Centro Assistencial e Profissional Integrado do Trabalhador em Transporte (CAPIT), instalados em grandes centros urbanos.